Program studi informatika berdiri seiring beralih status IAIN Pekalongan menjadi UIN K.H. Abdurrahman Wahid Pekalongan pada tahun 2022. Maka dari itu mulai dibuatlah program studi dengan rumpun ilmu diluar keagamaan. Program studi informatika mendapatkan surat keputusan pendirian dari kementerian pendidikan, kebudayaan, riset, dan teknologi pada 4 September 2023 dengan nomor 6428/E1/HK.03.00/2023. Program studi informatika mulai melakukan penerimaan mahasiswa pada tahun akademik 2024/2025.